分組與工作內容：

• 擱淺救援小組：經通報後，需第一時間趕至擱淺現場，協助現場事務與後續動作處理；活體擱淺救援復健與野放，死亡擱淺協助屍體運送，做鯨豚大體解剖，並記錄每隻個體的解剖資料後，則將骨骼交由骨骼標本小組處理。
• 骨骼標本小組：骨骼標本之製作，並依各種研究之需求做登錄、收藏及整理標本的動作，
• 獸醫與研究資訊小組：擱淺救援復健與野放之顧問與醫療操作，並協助研究人員做學術性研究，培養對動物醫學及相關研究有興趣之學子。

教育推廣與解說

分組與工作內容:

• 推廣事務小組：教育推廣課程及活動之策劃與執行，對外向民眾宣揚海洋與鯨豚保育之觀念。
• 活動企畫小組：志工交流相關活動之策劃與執行，並協助各分組志工製作課程與活動成果展覽，辦理年度志工大會。
• 解說教育小組：志工教育課程之策劃與執行，協助辦理年度志工訓練、解說員訓練等培訓課程。

藝術行政

分組與工作內容：

• 行政事務小組：協助協會行政事務處理與刊物發行，網頁更新與維護，資料分類與處理以建立完整資料庫。
• 藝文與多媒體小組：協助各組活動成果藝術化展示，並負責相關文稿撰寫製作，刊物與海報美編設計。